住在深渊边缘的孤儿莉可，与机器人少年雷古一起，向吞噬一切的大洞穴“深渊”发起挑战。
高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药变小，化名柯南，一边追查组织，一边解决无数棘手案件。
为了向夺取自己48个器官的魔神复仇，百鬼丸与多罗罗一起踏上斩杀魔神的旅途。